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除了藍(lán)細(xì)菌以外，化石細(xì)菌的數(shù)量并不多。在特定的化學(xué)條件下，細(xì)菌細(xì)胞被無(wú)機(jī)鹽取代后，形成活細(xì)胞的復(fù)制品或者假晶。一些細(xì)菌能夠分泌鐵質(zhì)的外鞘，有時(shí)也能形成化石。有些細(xì)菌可以鉆入動(dòng)物的外殼或巖石中，在殼內(nèi)或巖石中形成微小的管道，因此可以通過(guò)分析不同時(shí)期動(dòng)物外殼化石的這些管道間接認(rèn)識(shí)它們。
另外，琥珀中通常能保存大量精美的細(xì)菌，有些細(xì)菌甚至經(jīng)過(guò)億萬(wàn)年之后還能存活。在20億年前的古老巖石中可分辨出該細(xì)菌產(chǎn)生的磁鐵礦晶體，其大小為幾個(gè)微米，這可能是最小的化石了。
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