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除了藍細菌以外，化石細菌的數(shù)量并不多。在特定的化學條件下，細菌細胞被無機鹽取代后，形成活細胞的復制品或者假晶。一些細菌能夠分泌鐵質(zhì)的外鞘，有時也能形成化石。有些細菌可以鉆入動物的外殼或巖石中，在殼內(nèi)或巖石中形成微小的管道，因此可以通過分析不同時期動物外殼化石的這些管道間接認識它們。
另外，琥珀中通常能保存大量精美的細菌，有些細菌甚至經(jīng)過億萬年之后還能存活。在20億年前的古老巖石中可分辨出該細菌產(chǎn)生的磁鐵礦晶體，其大小為幾個微米，這可能是最小的化石了。
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